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可以分期辦理，但前提是必須滿足一定的條件。
根據(jù)《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）第四條明確規(guī)定：
“分期建設的項目，環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件應當列明分期建設內(nèi)容，明確分期實施后排放口數(shù)量、位置以及每個排放口的污染物種類、允許排放濃度和允許排放量、排放方式、排放去向、自行監(jiān)測計劃等與污染物排放相關(guān)的主要內(nèi)容，建設單位應據(jù)此分期申請排污許可證。分期實施的允許排放量之和不得高于建設項目的總允許排放量。”
這說明，在環(huán)評中已明確分期建設內(nèi)容的前提下，排污許可證可以分期核發(fā)。
如果環(huán)評審批未明確分期建設內(nèi)容，則不能直接依據(jù)該環(huán)評文件分期申請排污許可證。因為排污許可證的核發(fā)需嚴格依據(jù)環(huán)評及其批復中的污染物排放信息。
但在實際操作中，若建設單位確有分期建設需求，可以通過以下途徑實現(xiàn)排污許可分期管理：
補充完善環(huán)評文件：建設單位可對原環(huán)評文件進行補充說明或修訂，明確分期建設的具體內(nèi)容，并取得環(huán)評審批部門的確認。
重新報批環(huán)評文件：如項目建設內(nèi)容發(fā)生重大變動，包括分期建設安排的調(diào)整，根據(jù)《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》第七條：
“建設項目的環(huán)境影響報告書（表）經(jīng)批準后，建設項目的性質(zhì)、規(guī)模、地點、采用的生產(chǎn)工藝或者防治污染、防止生態(tài)破壞的措施發(fā)生重大變動的，建設單位應當依法重新報批環(huán)境影響評價文件……”
因此，如分期建設構(gòu)成“重大變動”，則需重新報批環(huán)評文件。
排污許可分期申請的條件：
環(huán)評文件或其補充說明中必須明確分期建設內(nèi)容；
分期后的各階段排放總量不得超過項目總允許排放量；
各期次的排放口設置、污染物種類、排放濃度、排放量等信息必須清晰且符合環(huán)保要求；
建設單位需提交詳細的分期建設方案及相應的污染防治措施落實計劃。
環(huán)評審批是排污許可的重要前提和依據(jù)。排污許可證的核發(fā)必須基于環(huán)評文件及其批復所確定的污染物排放信息。
根據(jù)《排污許可管理條例》第十一條規(guī)定：
“(一)依法取得建設項目環(huán)境影響報告書(表)批準文件，或者已經(jīng)辦理環(huán)境影響登記表備案手續(xù)；……(二)污染物排放符合污染物排放標準要求，重點污染物排放符合排污許可證申請與核發(fā)技術(shù)規(guī)范、環(huán)境影響報告書(表)批準文件、重點污染物排放總量控制要求；”
因此，排污許可證的分期核發(fā)必須以環(huán)評文件的分期建設內(nèi)容為基礎，否則無法滿足排污許可證核發(fā)的技術(shù)和法律要求。
雖然環(huán)評未明確分期建設內(nèi)容，但根據(jù)以下政策仍可能支持分期排污許可的申請：
《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）第四條：
“分期建設的項目，環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件應當列明分期建設內(nèi)容……建設單位應據(jù)此分期申請排污許可證?！?/span>
《排污許可管理辦法》（生態(tài)環(huán)境部部令 第32號）第二十二條：
“審批部門應當嚴格按照環(huán)境影響報告書（表）以及審批文件要求核發(fā)排污許可證，維護環(huán)境影響評價的有效性。”
《建設項目竣工環(huán)境保護驗收暫行辦法》第三章第十五條：
“各級環(huán)境保護主管部門應當通過‘雙隨機一公開’抽查制度，強化建設項目環(huán)境保護事中事后監(jiān)督管理。”
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這些條款表明，只要環(huán)評文件中存在分期建設的可行性描述，即使未詳細列出，也可通過補充說明的方式完善相關(guān)內(nèi)容，從而作為排污許可分期管理的依據(jù)。
根據(jù)相關(guān)政策文件，環(huán)保部門在審核分期排污許可申請時，將重點關(guān)注以下因素：
是否具備合法的環(huán)評依據(jù)：
是否取得環(huán)評批復；
是否明確分期建設內(nèi)容；
是否屬于重大變動情形，是否重新報批。
污染物排放總量控制要求：
各期次的排放總量是否合計不超過項目總允許排放量；
是否符合國家或地方的重點污染物總量控制要求。
污染防治措施落實情況：
污染物排放口設置是否合理；
自行監(jiān)測計劃是否完整、可行；
是否采用可行技術(shù)達到排放標準。
信息公開與監(jiān)管要求：
排污許可證執(zhí)行報告、臺賬記錄是否納入日常監(jiān)管；
是否按照《建設項目竣工環(huán)境保護驗收暫行辦法》要求開展驗收并公開相關(guān)信息。
是否存在違法行為：
是否存在無證排污或不按證排污行為；
是否曾因環(huán)保問題受到行政處罰。
審批部門應嚴格按照以下標準進行審批：
合法性原則必須確保環(huán)評文件中有關(guān)于分期建設的內(nèi)容，或通過補充材料獲得環(huán)保部門認可。
一致性原則排污許可證中的污染物種類、排放濃度、排放量、排放方式等必須與環(huán)評批復保持一致。
可控性原則必須確保每期建設的污染物排放可控，不會突破區(qū)域環(huán)境容量和總量控制目標。
完整性原則必須提供完整的分期建設方案、污染防治措施落實計劃和自行監(jiān)測方案。
綜上所述：
在環(huán)評未明確分期建設內(nèi)容的情況下，原則上不能直接申請分期排污許可證；
如確需分期建設，應通過補充環(huán)評說明或重新報批環(huán)評文件，明確分期建設內(nèi)容；
排污許可證的分期核發(fā)必須嚴格依據(jù)環(huán)評文件及其批復；
政策依據(jù)主要包括《關(guān)于做好環(huán)境影響評價制度與排污許可制銜接相關(guān)工作的通知》（環(huán)辦環(huán)評[2017]84號）、《排污許可管理條例》和《排污許可管理辦法》；
環(huán)保部門審核時將重點審查環(huán)評依據(jù)、污染物總量控制、污染防治措施、信息公開等內(nèi)容；
審批標準應堅持合法性、一致性、可控性和完整性原則。
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